Специфика биологических вопросов состоит в том, что на них зачастую невозможно получить одного и единственного правильного ответа типа «2Х2=4″ или „требуется 5 моль H2O“. Для объяснения биологических явлений всегда можно предложить несколько различных „идей“, каждая из которых может быть верной (например, некое растение встречается преимущественно возле упавших стволов деревьев потому, что а) ему необходима гниющая древесина, б) бревна задерживают летящие семена, в) под бревнами влажнее, чем вокруг — список можно продолжить). Это дает возможность задавать вопросы, при ответе на которые требуется в первую очередь не воспроизведение заученных знаний, а умение думать, искать различные объяснения или пути решения биологических проблем и не успокаиваться на первом найденном. На ШБО практикуются вопросы на выявление взаимосвязей, функционирование органов и систем, поиск „плюсов“ и „минусов“, классификацию, нахождение ошибок, на постановку либо трактовку результатов эксперимента. Последние весьма полезны, ибо заставляют задуматься о том, что в получаемых исследователем данных возможны методические погрешности. Допустимо (и практикуется) включение в вариант вопросов, истинные ответы на которые еще не известны. Вопросы „викторинного типа“ на знание натуралистических фактов о животных и растениях (например,"у какой рыбы меч на носу?»), с которых начиналось существование олимпиады, ныне «вымерли». Они мало подходят для целей турнира, ибо, во-первых, здесь велик элемент случайности (ребенок не знал, у кого меч, зато знал, у кого пила — что ничем не хуже, но вот не спросили), и, во вторых, имея однозначный результат «ответил/не ответил» (5 или 0), викторинные вопросы не дают возможности провести «тонкую» оценку уровня подготовки школьника. Однако подобные вопросы иногда используются на I туре ШБО в младших классах, а упомянутые негативные стороны смягчаются тем, что в один вопрос включают несколько подвопросов из разных разделов зоологии и ботаники.

Разнообразие высказываемых школьниками идей дает уникальную возможность для «тонкой» разбалловки при проверке работ. Поэтому крайне важно, чтобы число ожидаемых идей (т.е. тех, которые может предложить составитель) было не меньше трех-четырех. Практика показывает, что школьники придумают еще несколько. Вопросы с единственным ожидаемым вариантом ответа должны быть отвергнуты. Часто школьники не рискуют высказывать все свои мысли, опасаясь ошибиться, и в итоге ограничиваются банальностями. Чтобы снять этот психологический барьер, на ШБО МГУ оценки за ошибки не снижаются, о чем пишущих оповещают перед туром. Однако вариант должен выявлять не только умение думать, но и уровень базовых знаний. Для этого в него должны включаться вопросы по разным областям биологии, уже пройденным школьником не только в нынешнем, но и в предыдущих классах. Желательно требование приведения примеров. Семи вопросов в варианте вполне достаточно. Для ответа школьнику должно хватать материала, включенного в школьную программу (по биологии и другим предметам), если необходима дополнительная информация, она включается в формулировку вопроса — иногда в неявном виде. При современном разнообразии школьных программ точное выполнение этого требования затруднительно, но все же оно должно быть по возможности учтено. Конечно, школьники, имеющие знания сверх программы, получают преимущество, что естественно для предметной олимпиады. Следует проследить, чтоб ответ на вопрос не содержался в целом виде в каком-либо учебнике либо в популярной литературе. В варианте должны присутствовать как относительно сложные вопросы, так и один-два более простых, «утешительных», на которые сможет ответить почти всякий пришедший на турнир школьник.

Проверка «неоднозначных» вопросов всегда несколько субъективна, и поэтому крайне важно, чтобы один вопрос во всех работах проверял один и тот же человек. Другие вопросы в той же работе могут проверять другие люди. За 48 лет существования ШБО выработался алгоритм проверки, признаный оптимальным. Сначала проверяющий берет некую часть работ (от 50 до 100), и выписывает все идеи, высказанные школьниками, отмечая, в каком числе работ такая идея встречена. Разумность идей на этом этапе в рассчет не принимается. Далее он определяет «цену» каждой идеи в баллах либо долях балла. При этом правильные, но встреченные во многих работах, идеи оцениваются невысоко, правильные и редкие — значительно выше. Идеи, не реализовавшиеся в природе, но не противоречащие основным законам биологии, засчитываются как верные. В зависимости от того, насколько внятно выражена идея, ее цена может колебаться. Ошибочные идеи приравниваются к нулю (но при наличии в них «разумной составляющей» последняя оценивается). По тем же принципам оцениваются приводимые примеры. В результате этих процедур проверяющий получает критерий проверки, который утверждается Жюри. В дальнейшем при проверке выявляются все идеи, высказанные школьником, и оцениваются согласно критерию. Сумма оценок идей по критерию и есть оценка за вопрос. Кроме того, проверяющий имеет право добавить небольшой (на ШБО — 0,5 балла) приз за «общее впечатление» (особую ясность изложения, понимание сути вопроса, etc.). Если после суммирования остались доли очков, они округляются до принятого уровня (на ШБО — до полубалла). Естественно, в работе одного школьника никогда не встретятся все имеющиеся в критерии идеи, и поэтому сумма оценок в критерии может превышать максимальный балл за вопрос (нормально превышение в 2−2,5 раза). Если при проверке встречается не учтенная идея, критерий дополняется, но, при достаточном объеме первоначальной выборки, такое бывает нечасто. При правильно составленном критерии в большей части работ вопрос получает «средние» оценки, с уменьшением числа работ, оцененых по максимуму либо по минимуму. Каждый проверяющий выставляет отдельную оценку за свой вопрос (на ШБО — от 0 до 5 баллов с полубаллами), при этом полный провал в ответе на один вопрос не влияет на блестящий ответ на другой. Общий результат школьника — это сумма оценок за отдельные вопросы.